Zunächst erfolgt eine Untersuchung des Zahnes. Meist wird auch eine Röntgenaufnahme angefertigt, um eine korrekte Diagnose der Erkrankung zu erlangen. Das Röntgenbild gibt dem Zahnarzt außerdem wichtige Anhaltspunkte über Länge und Krümmung der Wurzelkanäle, sowie das Ausmaß der Entzündung an der Wurzelspitze.
Ist eine endodontische Behandlung notwendig, wird diese meist unter örtlicher Betäubung vorgenommen. Dann wird das krankhafte z.B. kariöse Zahngewebe entfernt und der Zahn wird meist durch das Anlegen eines sogenannten Kofferdams isoliert. Das Latextuch (Kofferdam) ermöglicht ein speichel-, d.h. bakterienfreies Arbeiten und schützt den Patienten vor Verschlucken z.B. von Flüssigkeiten, die der Zahnarzt zur Desinfektion benutzt.
Nun wird eine Zugangskavität durch die Zahnkrone zu den Wurzelkanälen geschaffen. Nicht jeder Zahn ist gleich, deshalb ist es meist notwendig zumindest mit einer Lupenbrille auch nach verkalkten Kanaleingängen und Kanalabzweigungen zu suchen. Daraufhin ist es notwendig die Länge der Wurzelkanäle zu bestimmen. Dies kann durch eine Röntgenmessaufnahme und/oder ein elektronisches Messgerät erfolgen.
Jetzt werden die Wurzelkanäle mechanisch gereinigt und aufbereitet. Da fast alle Wurzelkanäle mehr oder weniger gekrümmt sind, ist es notwendig hochflexible Instrumente zum Einsatz zu bringen. Zusätzlich wird mit verschiedenen Spüllösungen chemisch gereinigt, um enthaltenes Restgewebe und Bakterien zu entfernen bzw. abzutöten.
Je nach Schmerzsymptomatik und Diagnose ist es häufig notwendig eine medikamentöse Einlage und einen provisorischen Verschluss in den Zahn einzubringen. Daher kann sich eine Wurzelkanalbehandlung über mehrere Sitzungen erstrecken.